王子タミーノは、大蛇に襲われ気を失い、夜の女王の侍女である３人の女性たちに助けられる。鳥刺しパパゲーノが通りがかり、自分がタミーノを助けたとうそをつく。戻ってきた侍女たちから女王の娘、パミーナの肖像画を見せられたタミーノは一瞬で彼女に一目惚れをし、悪者ザラストロに捕らわれているパミーナの救出を誓う。
侍女たちは救出に向かうタミーノにお供することをパパゲーノに命じ、タミーノには魔法の笛、パパゲーノには鈴を渡す。タミーノとパパゲーノは、三人の童子に導かれ、ザラストロの住む神殿を目指す。しかし、ザラストロの領地に着いたタミーノは、彼が悪者ではなく賢者であることを知り、パミーナと結ばれるために試練に挑む。一方、パミーナもモノスタトスに襲われたり、タミーノに無視されたり、母である夜の女王にザラストロ殺害を命じられるなど辛い目にあう。一方、恋をしたいパパゲーノも試練に挑むものの途中で挫折する。しかし、老婆に扮していた可愛いパパゲーナと結ばれる。夜の女王、三人の侍女がザラストロに復讐を試みるが、雷に打たれ闇に葬られる。試練を乗り越えたタミーノとパミーナは結ばれ、祝福される。